克拉科夫雅盖隆大学下辖法律管理学院，医学院，药物学院，健康科学学院，哲学院，历史学院，语言学院，波兰研究学院，物理、天文及应用计算机科学学院，数学及计算机科学学院，化学学院，生物与地球科学学院，管理与交际学院，国际政治研究学院，生物化学、生物物理学及生物技术学院等学术单位。 克拉科夫雅盖隆大学开设了门类丰富的本科及研究生专业，例如公共管理，劳动法，犯罪法，历史学，对外波兰语教学，笔译学，数学，现代计算机技术，工业药物学，软件工程与商务工具，公共关系，生物技术，语言学，欧洲文化等等。此外，该校还为留学生开设了波兰语言与文化的课程。