1902年，四川中西学堂与锦江书院、尊经书院合并，成立四川省城高等学堂。1908年四川省城高等学堂正式开办正科（相当于大学本科），正科二部为理科，开设三角、代数、几何、微积分等。又经过多次变迁，1924年，开始设系，“数学系”这一名称启用于此。1931年，国立成都大学，国立成都师范大学合并成立国立四川大学，二校的数学系也因之合并为四川大学数学系。1938年，柯召任数学系主任，1942年吴大任接任数学系主任，到1949年，四川大学数学系教师中已有柯召、吴大任等专任教授11人。1952年，全国院系调整，重庆大学、华西大学数学系的教师并入四川大学数学系，教师阵容更为增强，有名教授柯召、蒲保明、张鼎铭、胡坤升、魏时珍等人。
四川大学数学学院
到改革开放初，四川大学的数学研究已有了长足的发展。1978年四川大学数学研究所成立，并于1983年获教育部正式批准。研究所下设数论、拓扑学、泛函分析、偏微分方程四个研究室。历任所长为：柯召（1978-1984），陆文瑞（1984-1992），刘应明（1994- ）。研究所的成立对促进四川数学的研究起到巨大作用。近二十年来，是四川大学数学学院发展最快的时段。在国家教育部、国家基金委、中国科学院及兄弟院校的支持下，经过四川大学数学学院发展最快的时段。在国家教育部、国家基金委、中国科学院及兄弟院校的支持下，经过四川大学同仁的共同努力，四川大学数学学院以“治学严谨、基础厚实、学术氛围浓、科研水平高”而享誉国内外，是我国西部的数学研究中心，并且成为教育部高校数学研究与高等人才培养中心主任单位。
具备专业齐全、层次完整的数学高等教育体系：
国家重点学科2个：基础数学、应用数学；
具数学一级学科博士学位授予权；
91年设数学博士后流动站；
教育部长江学者奖励计划特聘教授岗位3个；
首批国家理科基础科学研究和教学人才培养基地——数学人才培养基地，99年评为全国优秀基地；
2个四川省级人才培养基地-“信息与计算科学”、“概率论与数理统计”；
3个四川省重点实验室-“信息数学技术实验室”、“智能系统实验室”、“非线性不确定工程系统控制”。